การปรับปรุงพันธุ์ข้าวในประเทศไทยโดยทั่วไปยังคงใช้วิธีการปรับปรุงพันธุ์แบบมาตรฐานอยู่ แต่หน่วยความเป็นเลิศด้านการวิจัยและพัฒนาการปรับปรุงพันธุ์ข้าวมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ทำการปรับปรุงพันธุ์ข้าวโดยใช้เครื่องหมายโมเลกุลช่วยในการคัดเลือก การนำเทคโนโลยีใหม่ๆ มาใช้ โดยเฉพาะการใช้เทคโนโลยีเครื่องหมายโมเลกุลจะเป็นการเพิ่มโอกาสให้การปรับปรุงพันธุ์ประสบความสำเร็จได้มากขึ้น การปรับปรุงพันธุ์พืชให้มีลักษณะตามที่ต้องการจะต้องมีการคัดเลือกลักษณะนั้น ๆ อย่างถูกต้อง แม่นยำ และมีประสิทธิภาพสูงที่สุด เน้นการคัดเลือกที่ยีนซึ่งเป็นอีกระบบที่มีการคัดเลือกที่แม่นยำและมีประสิทธิภาพสูง
